Het belangrijkste verschil tussen UTR en intron is dat UTR een niet-coderende nucleotidesequentie is die is opgenomen in de rijpe mRNA-sequentie, terwijl intron een sequentie is die niet is opgenomen in het rijpe mRNA-molecuul.
UTR of niet-getranslateerd gebied is een niet-coderende sequentie die wordt aangetroffen in het mRNA-molecuul. Aan elke kant van de mRNA-sequentie kunnen we één UTR zien. Daarom zijn er twee UTR's als 5'UTR en 3'UTR. Een intron daarentegen is een niet-coderende sequentie die wordt aangetroffen tussen exons van het gen. Introns worden afgesplitst bij het maken van mRNA. Daarom worden introns niet gezien in de mRNA-sequentie. Zowel UTR als intron zijn echter belangrijke elementen van eukaryote genomen.
