De belangrijk verschil tussen zooidogamie en siphonogamie is dat zooidogamie een aandoening is waarbij mannelijke gameten in het water zwemmen om hun vrouwelijke gameten te bereiken, terwijl siphonogamie een aandoening is waarbij stuifmeelbuizen worden ontwikkeld om mannelijke gameten naar vrouwelijke gameten te dragen.
Seksuele voortplanting gebeurt op verschillende manieren tussen verschillende groepen planten. Om de bevruchting te voltooien, moeten mannelijke gameten de vrouwelijke gameten bereiken. Zooidogamie en siphonogamie zijn twee manieren die verklaren hoe mannelijke gameten naar de vrouwelijke gameten reizen. In zooidogamie zwemmen mannelijke gameten naar vrouwelijke gameten, terwijl bij siphonogamie mannelijke gameten door een stuifmeelbuis naar vrouwelijke gameten reizen. Algen, bryofyten, pteridofyten en sommige gymnospermen vertonen bijvoorbeeld zooidogamie, terwijl zaadplanten siphonogamie vertonen.
