Het belangrijkste verschil tussen cisgenese en intragenese is dat bij cisgenese genen worden geïntroduceerd zonder enige verandering in de DNA-sequentie, en de genen hebben hun eigen promotor, introns en terminatorsequenties, terwijl bij intragenese genen kunnen worden ontworpen met behulp van genetische elementen van andere planten. met dezelfde seksueel compatibele genenpool.
Transgenese is de genetische modificatie in een ontvangende plant met genen van een niet-plantaardig organisme of van een donorplant die seksueel onverenigbaar is met de ontvangende plant. Cisgenese en intragenese zijn twee alternatieve concepten voor transgenese. Beide vinden plaats tussen kruisbare soorten. Cisgenese verwijst naar de genetische modificatie van een ontvangende plant met een natuurlijk gen van een seksueel compatibele plant. Intragenese, aan de andere kant, maakt het gebruik van nieuwe gencombinaties mogelijk die zijn gecreëerd door in vitro herschikkingen van functionele genetische elementen. Beide concepten zijn echter gebaseerd op het gebruik van genen van dezelfde soort of nauw verwante soorten die seksueel compatibel zijn. Daarom zijn intragenese en cisgenese identiek aan de genenpool die beschikbaar is voor conventionele veredeling.
