Belangrijkste verschil - Proteomics versus Transcriptomics
De omic-technologie is een huidige trend, waarbij de verschillende biomoleculen van een organisme als een hele verzameling worden beschouwd met betrekking tot zijn eigenschappen en functies. De omic-technologie kent een breed scala aan toepassingen. De verschillende omics van een biologisch monster omvatten genomics, proteomics, transcriptomics en metabolomics. Proteomics omvat de volledige studie van alle eiwitten in een levend organisme. Het wordt gedefinieerd als de verzameling van alle tot expressie gebrachte eiwitten in een organisme, de structurele en functionele eigenschappen ervan. De complete set eiwitten vormt daarom het proteoom. Transcriptomics is de volledige studie van alle boodschapper-RNA (mRNA) -moleculen die aanwezig zijn in een levend organisme. Transcriptomics behandelt dus de genen die actief tot expressie worden gebracht in een levend organisme. De totale set mRNA in een levend organisme wordt het transcriptoom genoemd. Het belangrijkste verschil tussen Proteomics en Transcriptomics is gebaseerd op het type biomolecuul. In proteomics wordt de totale set van tot expressie gebrachte eiwitten in een levend organisme bestudeerd, terwijl in transcriptomics het totale mRNA van een levend organisme wordt bestudeerd.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is Proteomics
3. Wat is Transcriptomics
4. Overeenkomsten tussen Proteomics en Transcriptomics
5. Vergelijking zij aan zij - Proteomics versus transcriptomics in tabelvorm
6. Samenvatting
Wat is Proteomics?
De term proteomics werd bedacht in het jaar 1995 en werd aanvankelijk gedefinieerd als het totale eiwitcomplement in een cel, weefsel of organisme. Met de vooruitgang in proteomische studies, werd het vervolgens gewijzigd om te worden beschouwd als een overkoepelende term waarin veel studiegebieden waren opgenomen. Momenteel worden onder het onderwerp proteomics de structuur, oriëntatie, functies, interacties, modificaties, toepassingen en het belang van eiwitten bestudeerd. Daarom wordt er momenteel veel onderzoek gedaan op het gebied van proteomics.
De eerste proteomische onderzoeken werden gedaan om het eiwitgehalte in Escherichia coli te identificeren. Het in kaart brengen van het totale eiwitgehalte werd gedaan met behulp van tweedimensionale (2D) gels. Na het succes hiervan, gingen wetenschappers verder met het karakteriseren van de totale eiwitgehalten in dieren zoals cavia's en muizen. Momenteel wordt het in kaart brengen van menselijke eiwitten gedaan met behulp van 2D-gelelektroforese.
Toepassingen van Proteomics
Er zijn veel voordelen aan het bestuderen van proteomica, aangezien eiwitten de belangrijkste moleculen zijn van de meeste activiteit vanwege de katalysatoreigenschappen van eiwitten. Zo kan de studie van hele eiwitten informatie opleveren over de gezondheidsstatus van een organisme. Sommige toepassingen zijn;
- Genoomannotatie: door het eiwitgehalte van een organisme te bestuderen, kunnen de exacte genomen die verantwoordelijk zijn voor de actieve eiwitverbinding worden bepaald. In dit scenario zijn de resultaten van alle genomics, transcriptomics en proteomics belangrijk.
- Ziekte-identificatie / diagnostiek: Proteomics wordt gebruikt bij de identificatie van de ziektetoestand, door de gezonde en de zieke te vergelijken
- Eiwitexpressie uitvoeren die tijdens experimenten is bestudeerd.
- Eiwitmodificaties en interactiestudies: Om eiwitten te gebruiken in vitro of en in vivo omstandigheden, om de bewaarcondities van deze geëxtraheerde eiwitten te bepalen en om het gedrag van het eiwit te bestuderen in in vitro, in vivo en in-silico methoden.
Figuur 01: Proteomics
Er zijn verschillende technieken betrokken bij proteomics
- Extractie van het totale eiwit en het scheiden van de eiwitten met behulp van 2D-gelelektroforese. Eiwitten kunnen ook worden gescheiden met behulp van hogedrukvloeistofchromatografie (HPLC).
- Sequentiebepaling van de geëxtraheerde eiwitten met behulp van methoden zoals Edmund's sequentiemethode of massaspectrometrie.
- Zodra de sequenties zijn geïdentificeerd, worden structurele en functionele eigenschappen van het eiwitgehalte geanalyseerd met behulp van computergebaseerde software en bioinformatica-tools.
Wat is Transcriptomics?
De transcriptoomterm is onlangs bedacht. De Transcriptomics is de studie van het totale mRNA-gehalte van een organisme. Het totale mRNA is het tot expressie gebrachte DNA in een levend organisme of een cel. De volledige verzameling mRNA wordt een transcriptoom genoemd.
De stappen om het transcriptoom te analyseren omvatten,
- Extractie van RNA, scheiding van mRNA met behulp van kolomgelchromatografie met poly DT-korrels.
- De sequentiebepaling van het mRNA is gedaan.
Microarray-technologie is een veelgebruikte manier om het transcriptoom van een organisme te identificeren. De microarray-techniek omvat een sondeplaat met de complementaire strengen van het transcriptoom. Bij hybridisatie kan het mRNA dat aanwezig is in het organisme of de cellen worden gekarakteriseerd.
Figuur 02: Transcriptomische technieken
Transcriptomics wordt nu veel gebruikt in de medische sector. Ziektediagnostiek en ziekteprofilering zijn hoofdgebieden waarin Transcriptomics wordt gebruikt. Door een transcriptoom van een organisme te analyseren, kan vreemd mRNA worden geïdentificeerd en als er infecties zijn, kan het worden geïdentificeerd. Het niet-coderende RNA kan worden gescheiden met behulp van transcriptomische technologieën. En ook de expressie van genen onder verschillende omgevingsfactoren kan worden gevolgd.
Wat zijn de overeenkomsten tussen Proteomics en Transcriptomics?
- Beide maken deel uit van het concept van omic-technologie.
- Beide worden gebruikt bij ziektediagnostiek en ziektekarakterisering van een organisme.
- Beide studiegebieden betroffen extractie van het biomolecuul, scheiding van het biomolecuul en sequentiestappen.
Wat is het verschil tussen Proteomics en Transcriptomics?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Protemics versus Transcriptomics |
|
| Proteomics omvat de volledige studie van alle eiwitten in een levend organisme. | Transcriptomics is de volledige studie van alle boodschapper-RNA (mRNA) -moleculen die aanwezig zijn in een levend organisme. |
| Studeerde Bio Molecule Type | |
| Eiwitten worden bestudeerd in proteomics. | mRNA wordt bestudeerd in transcriptomics. |
| Factoren bestudeerd | |
| Structuur, functie, interacties, modificaties en toepassingen van de eiwitten worden bestudeerd in proteomics. | Sequentiestructuur, interacties met de omgeving en toepassingen van het mRNA worden bestudeerd in transcriptomics. |
Samenvatting - Proteomics versus Transcriptomics
Omics spelen een belangrijke rol in de levenswetenschappen. Proteomics verwijst naar de studie van het proteoom dat de volledige verzameling proteïnen in een cel of organisme vormt. Transcriptomics verwijst naar de studie van het transcriptoom, de complete set van tot expressie gebracht DNA in de vorm van mRNA. De twee studiegebieden, proteomics en transcriptomics, zijn afgeleid na de introductie van genomics en worden momenteel veel gebruikt in medische diagnostiek en bij het karakteriseren en screenen van organismen. Dit is het verschil tussen proteomics en transcriptomics.
Download de pdf van Proteomics vs Transcriptomics
U kunt de pdf-versie van dit artikel downloaden en offline gebruiken volgens de citatienota. Download de pdf-versie hier: Verschil tussen Proteomics en Transcriptomics
