Het belangrijkste verschil tussen Cosmid en Phagemid zit in het type sequenties dat het bevat. Een Cosmid bevat een cos-site en een plasmide. Daarom is het een hybride vector, terwijl een Phagemid een plasmide is dat een F1-replicatieoorsprong van de F1-faag bevat.
Kosmiden en fagemiden worden gebruikt voor kloneringsdoeleinden, vooral om grotere fragmenten van DNA te klonen. Deze worden veel gebruikt, vooral bij het klonen van genen die verantwoordelijk zijn voor de productie van verschillende eiwitten. Cosmiden en fagemiden worden ofwel alleen gerepliceerd als plasmiden of worden verpakt in virale deeltjes en vervolgens gerepliceerd.
