Het belangrijkste verschil tussen allel en locus is dat het allel verwijst naar een van de twee of meer alternatieve sequenties van een gen op een bepaalde locus, terwijl de locus verwijst naar een bepaalde locatie op een chromosoom waar een gen kan worden gevonden.
In de vorm van genen erft genetische informatie van ouders op nakomelingen. Genen zijn de specifieke nucleotidesequenties die zich in de chromosomen bevinden. In het genoom van een organisme zijn veel genen te vinden. Hun rangschikking in het genoom is nauwkeurig en de locatie van het gen kan gemakkelijk worden gevonden met behulp van een genetische marker. Bovendien kan een bepaald gen verschillende versies hebben die we allelen noemen. De specifieke locatie van een gen in het chromosoom is ook erg belangrijk, en we noemen het een locus.
