De belangrijk verschil tussen apomorfie en plesiomorfie is dat de apomorfie verwijst naar een kenmerk dat uniek is voor een clade en wordt aangetroffen in alle afstammelingen van die specifieke clade, terwijl de plesiomorfie verwijst naar een kenmerk dat aanwezig is in de clade maar mogelijk niet aanwezig is in alle leden van de clade.
In de fylogenetica is cladistiek het gebied dat organismen classificeert in clades of groepen op basis van de kenmerken die de voorouders erven. Het is een zeer betrouwbare studievorm die helpt bij het analyseren van evolutionaire en fylogenetische relaties. Er kunnen verschillende terminologieën worden gebruikt om kenmerken van elke clade te beschrijven, zoals apomorfie, plesiomorfie, autapomorfie, synapomorfie en homoplasie, enz. Onder hen zijn apomorfie en plesiomorfie relatieve termen. In deze onderzoeken is computergebaseerde software erg nuttig om de kenmerken en kenmerken van Apomorphy en Plesiomorphy te bestuderen.
