Het belangrijkste verschil tussen blauwgroene algen en groene algen is dat blauwgroene algen prokaryote organismen zijn die tot Kingdom Monera behoren, terwijl groene algen eukaryote organismen zijn die behoren tot Kingdom Protista.
Fotosynthese is het proces dat wordt getoond door fotoautotrofen. Het is het proces dat koolhydraten (voedsel) synthetiseert door energie uit zonlicht op te vangen. Het proces vereist de aanwezigheid van fotosynthetische pigmenten, CO 2 en water. Fotoautotrofen bezitten fotosynthetische pigmenten om fotosynthese uit te voeren. Er zijn drie grote groepen fotoautotrofen, zoals planten, cyanobacteriën (blauwgroene algen) en algen (inclusief groene algen). Daarom zijn zowel blauwgroene algen als groene algen fotosynthetische organismen. Blauwgroene algen zijn echter prokaryote organismen, terwijl groene algen eukaryote organismen zijn. Dienovereenkomstig is er een verschil tussen blauwgroene algen en groene algen op basis van hun cellulaire organisatie en andere kenmerken.
