Het belangrijkste verschil tussen dyneïne en kinesine is dat dyneïne een cytoskeletmotor-eiwit is dat naar het min-uiteinde van microtubuli beweegt, terwijl kinesine een ander cytoskelet-motoreiwit is dat naar het positieve uiteinde van microtubuli beweegt.
Het cytoskelet bestaat uit verschillende soorten filamenten. Microtubuli zijn er een van. Ze begeleiden de materiële beweging binnen de cel. Ze zijn ook belangrijk om de vorm van de cel te behouden. Afgezien daarvan zijn microtubuli van vitaal belang bij het scheiden van chromosomen bij mitose en meiose. Bovendien zijn microtubuli de belangrijkste componenten van cilia en flagella van sommige eukaryote cellen. Structureel zijn microtubuli polaire structuren. Ze hebben een plus-einde en een min-einde. Over het algemeen strekt het min-uiteinde zich uit naar het midden van de cel, terwijl het plus-uiteinde zich uitstrekt naar het celoppervlak. Tijdens het intracellulaire transport van blaasjes en organellen helpen twee soorten cytoskelet-motoreiwitten microtubuli. Het zijn dyneïnen en kinesins. Dyneins verplaatsen zich naar het min-uiteinde van de microtubuli terwijl ze materialen naar het midden van de cel dragen. Daarentegen reizen kinesines naar het celoppervlak en dragen materialen naar de periferie van de cel.