Het belangrijkste verschil tussen fenetica en cladistiek is de methode die wordt gebruikt bij het classificeren van organismen. Fenetica classificeert organismen op basis van morfologische en structurele kenmerken, terwijl cladistiek organismen classificeert op basis van hun afkomst en evolutionaire relaties.
Classificatie van organismen is een belangrijk proces in biodiversiteit en biologische studies. Taxonomie vergemakkelijkt de classificatie van verschillende systemen en helpt bij het clusteren en groeperen van organismen. In dit opzicht spelen fenetica en cladistiek een belangrijke rol bij het opbouwen van relaties tussen organismen.
