Het belangrijkste verschil tussen QTL en GWAS is afhankelijk van het type sequenties dat in de analyse wordt gebruikt. QTL gebruikt koppelingsgenloci om fenotypische eigenschappen te analyseren die verband houden met polygene overerving, terwijl GWAS volledige genoomsequenties gebruikt om enkelvoudige nucleotidepolymorfismen van een bepaalde aandoening te analyseren.
QTL-kaarten en GWAS spelen een belangrijke rol bij de genetische analyses voor verschillende kenmerken. Bovendien zijn ze belangrijk bij het analyseren van verschillende ziektetoestanden met onbekende etiologie. Daarnaast speelt sequencing een sleutelrol in beide technieken. Deze technieken kunnen verder worden gekoppeld met andere high-throughput-technieken voor verhoogde nauwkeurigheid en precisie.
