Het belangrijkste verschil tussen auxotrofen en prototrofen is dat auxotrofen gemuteerde micro-organismen zijn die het vermogen hebben verloren om een bepaalde organische verbinding te produceren die nodig is voor hun groei, terwijl prototrofen wildtype micro-organismen zijn die in staat zijn om alle vereiste organische verbindingen te produceren.
Micro-organismen vertonen verschillende voedingswijzen. Vooral bacteriën hebben verschillende vermogens. Sommige bacteriën zijn in staat om hun eigen voedsel te fotosynthetiseren en te produceren, terwijl sommige bacteriën in symbiotische relaties leven met hun gastheerorganisme en voedingsstoffen verkrijgen. Bovendien breken sommige bacteriën organisch materiaal af en nemen ze voedingsstoffen op. Auxotrofen en prototrofen zijn twee groepen micro-organismen die verschillen op basis van hun vermogen om organische verbindingen te produceren voor hun groei. Prototrofen kunnen alle organische verbindingen synthetiseren die nodig zijn voor hun groei, terwijl autotrofen niet in staat zijn om een bepaalde organische verbinding te produceren die essentieel is voor de groei als gevolg van een mutatie.
