Het belangrijkste verschil tussen BCAA en aminozuren is dat het BCAA een aminozuur met vertakte keten is met alifatische zijketens met een vertakking, terwijl de aminozuren organische verbindingen zijn die aminegroepen, carboxylgroepen en een specifieke zijketen bevatten.
Aminozuren zijn de bouwstenen van eiwitten. De zijgroep (R) van het aminozuur bepaalt de eigenschappen van het aminozuur. Daarom is deze zijgroep specifiek voor aminozuren. Met andere woorden, verschillende aminozuren hebben verschillende zijgroepen. BCAA's hebben echter een extra uniekheid; een centraal koolstofatoom gebonden aan drie of meer koolstofatomen.
