De belangrijk verschil tussen pyridine en pyrimidine is dat de pyridinestructuur lijkt op de structuur van benzeen met één methylgroep vervangen door een stikstofatoom, terwijl pyrimidinestructuur, hoewel het ook lijkt op de structuur van benzeen, twee methylgroepen heeft vervangen door stikstofatomen.
Pyridine en pyrimidine zijn organische verbindingen. Deze worden heterocyclische organische verbindingen genoemd omdat het cyclische structuren zijn met twee verschillende soorten atomen die de ring vormen. Deze ringstructuren bevatten koolstof- en stikstofatomen.