Het belangrijkste verschil tussen Apicomplexia en Ciliophora is dat Apicomplexia een subfylum is van protozoa en organismen omvat met een apicaal complex, terwijl Ciliophora een ander subfylum is van protozoa dat organismen met cilia omvat.
Protozoa is een van de twee belangrijkste groepen die tot het Koninkrijk Protista behoren. De andere groep zijn algen. Protozoa zijn eencellige dieren zoals eukaryote organismen. Ze behoren tot vier klassen: Sarcodina (amoeben), Ciliophora (ciliaten), Zoomastigophora (flagellaten) en Apicomplexa. Apicomplexie heeft een structuur die bekend staat als een apicaal complex, terwijl Ciliophora-leden duizenden trilhaartjes op het oppervlak van het organisme hebben.
