Het belangrijkste verschil tussen anammox en denitrificatie is dat anammox verwijst naar anaërobe ammoniumoxidatie, die ammonium en nitrieten onder anoxische omstandigheden omzet in stikstofgas. Ondertussen is denitrificatie de biologische omzetting van nitraat in N 2 door denitrificerende bacteriën.
De stikstofcyclus is een belangrijke biogeochemische cyclus waarin stikstof wordt omgezet in verschillende chemische vormen zoals NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -enz. Er zijn vier belangrijke processen die worden gezien in de stikstofcyclus. Het zijn fixatie, ammonificatie, nitrificatie en denitrificatie. Veel van deze processen worden uitgevoerd door micro-organismen, vooral bacteriën die in de bodem aanwezig zijn. Anammox is een van de nieuwste toevoegingen aan de stikstofcyclus. Het is het proces van anaërobe ammoniumoxidatie. Een specifieke groep bacteriën, bekend als planctomyceten, voert dit proces uit. Ze hebben een speciaal organel, anammoxosomen genaamd, dat de plaats vormt voor de anammoxreactie. Zowel denitrificatie als anammox produceren uiteindelijk echter stikstofgas.
