Het belangrijkste verschil tussen het eerste en het tweede boodschappersysteem is dat het eerste boodschappersysteem verwijst naar de extracellulaire signaalmoleculen, terwijl het tweede boodschappersysteem verwijst naar de intracellulaire signaalmoleculen.
Eerste en tweede boodschappersystemen bestaan uit verschillende soorten signaalmoleculen. Eerste boodschappers zijn extracellulaire moleculen, vaak hormonen of neurotransmitters. Daarentegen zijn tweede boodschappers intracellulaire moleculen die signalen van celmembraanreceptoren naar doelen in de cel verzenden. Het celsignaleringsproces begint wanneer het signaalmolecuul (ligand) zich bindt met de receptor van een cel. Deze binding verandert het intracellulaire domein van de receptor, waardoor intracellulaire signaalroutes worden geactiveerd.
