Het belangrijkste verschil tussen insertie- en vervangingsvectoren is dat de insertievector het vermogen heeft om matige lengtes vreemd DNA in te voegen, terwijl de vervangingsvector het vermogen heeft om grotere lengtes vreemd DNA op te nemen.
Faagvectoren zijn de bacteriofagen die worden gebruikt voor het klonen. Er zijn twee soorten faagvectoren; ze zijn invoegvector en vervangingsvector. Ook bestaan alle faagvectoren uit niet-essentiële genen. Deze genen moeten echter uit fagen worden verwijderd om nieuwe vreemde DNA-inserts te vergemakkelijken.
