Het belangrijkste verschil tussen maltose en isomaltose is dat de maltose twee glucose-eenheden heeft die met elkaar zijn verbonden via een alfa 1-4-binding, terwijl de isomaltose twee glucose-eenheden heeft die met elkaar zijn verbonden via een alfa 1-6-binding.
Maltose is een disaccharide. Het betekent dat het twee suikereenheden heeft die met elkaar zijn verbonden. In het geval van maltose en isomaltose is de suikereenheid een glucosemolecuul. Daarom verschillen deze twee vormen van disachariden van elkaar volgens de chemische binding tussen de twee glucose-eenheden. Beide suikervormen zijn echter reducerende suikers.
