Het belangrijkste verschil tussen epistatisch gen en hypostatisch gen is dat het epistatische gen een gen is dat de expressie van een ander gen op een andere locus beïnvloedt, terwijl het hypostatische gen het gen is dat ondergaat in de interferentie van het epistatische gen.
Bepaalde genen zijn voor hun expressie afhankelijk van andere niet-allelische genen. Epistasis is een vorm van geninteractie waarbij een gen de expressie van een ander gen dat zich op een andere locus bevindt, verstoort of maskeert. Daarom is het een soort niet-allelische geninteractie. In deze speciale geninteractie werken twee genen samen, en ze zijn het epistatische gen en het hypostatische gen. Dienovereenkomstig staat het gen dat de expressie van een ander gen maskeert bekend als epistatisch gen, terwijl het gen waarvan de expressie wordt beïnvloed, bekend staat als een hypostatisch gen.
