Het belangrijkste verschil tussen cis-cyclohexaan en trans-cyclohexaan is dat de substituenten van cis-cyclohexaan naar hetzelfde vlak van de ring wijzen, terwijl de substituenten van trans-cyclohexaan naar tegenovergestelde vlakken wijzen.
Cyclohexaan is een cycloalkaan waarin een zesledige koolstofring aanwezig is in de stoelconformatie. In de stoelconformatie heeft deze verbinding de laagste hoekspanning; het is dus stabieler dan andere mogelijke conformaties. Bovendien bevindt in deze conformatie de helft van de waterstofatomen die zijn verbonden met koolstofatomen zich in het vlak van de ring. We noemen dit equatoriale positionering. De andere helft staat loodrecht op het vlak van de ring. We noemen dit axiale positionering. Als er twee of meer substituenten in cyclohexaan zijn, kunnen we cis- en trans-isomerie waarnemen door te kijken of de substituenten zich in equatoriale of axiale positie bevinden.
