De belangrijk verschil tussen parasitaire wortels en mycorrhizae is dat parasitaire wortels de wortels zijn van niet-fotosynthetische parasitaire planten, terwijl mycorrhizae een soort mutualistische associatie zijn die bestaat tussen de wortels van fotosynthetische hogere plant en een schimmel.
Parasitisme en mutualisme zijn twee symbiotische associaties die bestaan tussen twee verschillende soorten die samen leven. Parasitisme is alleen gunstig voor parasieten, aangezien de parasiet voedsel en andere behoeften van de gastheer krijgt en deze schade toebrengt. Aan de andere kant komt mutualisme ten goede aan beide partners in de vereniging. Mycorrhizae zijn een soort mutualistische associatie die optreedt tussen een hogere plant en een schimmel. De schimmel leeft in de wortels van hogere planten. Hogere planten leveren voedsel aan de schimmel, terwijl schimmel water en voedingsstoffen uit de grond naar de plant absorbeert.
