Het belangrijkste verschil tussen E. coli en Pseudomonas aeruginosa is dat E. coli een facultatieve anaërobe bacteriesoort is die behoort tot de familie Enterobacteriaceae en het genus Escherichia, terwijl P. aeruginosa een aërobe bacteriesoort is die behoort tot de familie Pseudomonadadaceae en het geslacht Pseudomonas.
Zowel E. coli als Pseudomonas aeruginosa zijn gramnegatieve, staafvormige en beweeglijke bacteriën. Bovendien zijn het ingekapselde bacteriën. Maar E. coli is een soort van het geslacht Escherichia, terwijl P. aeruginosa een soort is van het geslacht Pseudomonas.
