Het belangrijkste verschil tussen X-inactivering en genomische imprinting is dat X-inactivering het proces is waarbij één kopie van X-chromosoom bij sommige vrouwen wordt geïnactiveerd, terwijl genomische imprinting een proces is dat afhangt van de ouder van herkomst en het is het proces waarin kopieën van genen worden differentieel tot expressie gebracht.
X-inactivering en genomische imprinting zijn twee processen die kunnen leiden tot mono-allele expressie. In eenvoudige bewoordingen veroorzaken beide verschijnselen het uitschakelen van één kopie van een gen. Genomische imprinting vindt plaats in specifieke genen, terwijl X-inactivering de inactivering van genen in het gehele X-chromosoom veroorzaakt. Beide processen resulteren echter in een verminderde genexpressie.
