Het belangrijkste verschil tussen differentiatie en morfogenese is dat differentiatie beschrijft hoe cellen gespecialiseerd worden om unieke functies uit te voeren, terwijl morfogenese de ontwikkeling beschrijft van de vormen van levende organismen.
Meercellige organismen beginnen hun leven vanuit één cel, ofwel een spore of een zygote. Daarom zijn celdifferentiatie en morfogenese twee verschillende en belangrijkste processen die plaatsvinden tijdens de ontwikkeling van een meercellig organisme. Differentiatie is het proces waarbij verschillende gespecialiseerde celtypen worden gevormd. Het leidt tot de rijping van cellen en weefsels die specifieke functies vervullen voor een organisme. Aan de andere kant is morfogenese het proces waarbij verschillende vormen van levende organismen worden ontwikkeld. Het bepaalt de vorm van cellen, weefsels, organen of organismen.
