Het belangrijkste verschil tussen chemoorganotrofen en chemolithotrofen is dat chemoorganotrofen organismen zijn die elektronen verkrijgen uit organische verbindingen, terwijl chemolithotrofen organismen zijn die elektronen verkrijgen uit anorganische verbindingen.
Levende organismen kunnen worden gegroepeerd in verschillende categorieën met betrekking tot de voedingsmodus op basis van de bron van energie en koolstof. Er zijn energiebronnen zoals zonlicht en organische verbindingen. Evenzo zijn er twee soorten koolstofbronnen, zoals anorganische koolstof en organische koolstof. De vier hoofdcategorieën zijn fotoautotrofen, fotoheterotrofen, chemoautotrofen en chemoheterotrofen. Bovendien zijn er, op basis van de primaire bron van reducerend equivalent, twee categorieën, namelijk organotrofen en lithotrofen. Chemoorganotrofen en chemolithotrofen zijn twee groepen die energie gebruiken om chemische verbindingen te breken. Maar ze verschillen van elkaar op basis van de elektronendonor. De bron van elektronendonor zijn organische verbindingen in chemo-organotrofen, terwijl de bron van het reducerende equivalent anorganisch is in chemolithotrofen.
