Het belangrijkste verschil tussen plastoquinon en plastocyanine is dat plastoquinone een lipofiel dragermolecuul is dat elektronen naar plastocyanine overbrengt via cytochroom b6f-eiwitcomplex. Maar plastocyanine is een kleine in water oplosbare blauwe kopereiwit een paar elektronen van het cytochroom b aanvaardt 6 f ingewikkeld en geeft deze door aan fotosysteem I in thylakoid ruimte.
Fotosynthese kent twee soorten reacties als lichtafhankelijke reacties en lichtonafhankelijke reacties. Deze twee soorten fotosystemen spelen een belangrijke rol bij lichtafhankelijke reacties. Ze zijn fotosysteem I en II. Fotosystemen zijn grote complexen van eiwitten en pigmenten of lichtabsorberende moleculen. Ze vangen energie op uit zonlicht. P700 is het reactiecentrum van fotosysteem I terwijl P680 het reactiecentrum is van fotosysteem II. Elk fotosysteem absorbeert licht en produceert ATP via fotofosforylering. Ze produceren ook NADPH. Verschillende soorten elektronenacceptoren nemen deel aan de lichtafhankelijke reacties. Plastoquinone en plastocyanine zijn twee soorten moleculen die betrokken zijn bij de elektronentransportketen.
