Belangrijkste verschil - Blunt versus Sticky End Ligation
Restrictie-endonucleasen zijn specifieke enzymen die dubbelstrengs DNA (dsDNA) knippen. Ze zijn ook bekend als moleculaire schaar in de moleculaire biologie. Restrictie-enzymen zijn in staat om specifieke korte sequenties van het dsDNA, bekend als herkenningsplaatsen, te herkennen en fosfodiëster- en waterstofbruggen te splitsen om dubbele strengen te openen. Als resultaat van splitsing door deze enzymen, worden DNA-fragmenten geproduceerd met verschillende soorten uiteinden, zoals plakkerige uiteinden en stompe uiteinden. DNA-ligase is een enzym dat in de moleculaire biologie wordt gebruikt om twee aangrenzende DNA-strengen te verbinden door nieuwe bindingen te vormen. De stap staat bekend als ligatie en afhankelijk van het type van het geligeerde DNA-uiteinde, kunnen ze worden aangeduid als ligatie van stompe uiteinden en ligatie van plakkerig uiteinde. De belangrijk verschil tussen stompe en plakkerige ligatie is dat ligatie van stompe uiteinden optreedt tussen DNA-fragmenten die twee stompe uiteinden bevatten, terwijl ligatie van kleverige uiteinden optreedt tussen 5 'en 3' overhangen. In vergelijking met ligatie van stompe uiteinden is ligatie van kleverige uiteinden efficiënter en stabieler.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is ligatie van het stompe uiteinde
3. Wat is ligatie van het kleverige uiteinde
4. Vergelijking naast elkaar - Ligatie van stompe versus kleverige uiteinde
5. Samenvatting
Wat is een stompe ligatie?
Sommige restrictie-endonucleasen kunnen het DNA op de tegenoverliggende basen knippen en stompe DNA-fragmenten produceren. Deze enzymen staan bekend als stompe uiteinden; ze splitsen zich rechtstreeks naar het midden van de restrictieplaats zonder enkelstrengige overhangende bases achter te laten. Stompe uiteinden zijn ook bekend als niet-overhangende uiteinden, omdat ze aan de uiteinden geen 3 'en 5' overhangende bases hebben. Beide strengen eindigen vanaf basenparen in stompe uiteinden. Veelvoorkomende stompe snijdende enzymen zijn EcoRV HaeIII, AluI en SmaI.
Ligatie van stompe uiteinden is betrokken tussen twee stompe uiteinden. Het is geen afbinding van uitstekende bases. Deze ligatie is minder efficiënt dan ligatie van het kleverige uiteinde. In sommige gevallen wordt ligatie van stompe uiteinden echter voordeliger dan ligatie van kleverige uiteinden, vooral bij het ligeren van PCR-producten. PCR-producten worden altijd geproduceerd met stompe uiteinden. Ligatie van stompe uiteinden vereist geen complementaire uiteinden in het DNA voor de ligatie.
Figuur 01: Productie van stompe uiteinden door Eco RV-enzym
Wat is een plakkerige ligatie?
Sommige restrictie-endonucleasen zijn in staat dsDNA te knippen, waardoor er aan het einde een overhangend stuk enkelstrengs DNA overblijft. Deze uiteinden staan bekend als plakkerige of overhangende uiteinden. Ligatie van kleverige uiteinden treedt op tussen twee DNA-fragmenten die overeenkomende overhangende delen bevatten, omdat kleverige uiteinden zijn bezeten met ongepaarde basen en complementaire basen nodig hebben om bindingen te vormen. Daarom is het nodig om hetzelfde restrictie-enzym te gebruiken voor beide bronnen van DNA om de bijpassende ligatiefragmenten te produceren.
Ligatie van kleverige uiteinden is efficiënter en is vaak zeer wenselijk bij kloonprocessen. Er zijn verschillende restrictie-enzymen die kleverige uiteinden produceren. Ze zijn EcoRI, BamHI, HindIII etc.
Figuur 02: Kleverige eindproductie door Eco RI-enzym
Wat is het verschil tussen stompe en plakkerige ligatie?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Ligatie van stompe uiteinden vindt plaats tussen twee DNA-fragmenten met stompe uiteinden. | Ligatie van kleverige uiteinden vindt plaats tussen twee overeenkomende DNA-fragmenten met kleverige uiteinden. |
| Enzymen | |
| Snijders met stompe uiteinden produceren stompe uiteinden. | Kleverige eindsnijders produceren kleverige of samenhangende uiteinden. |
| Vereiste van bijpassende uiteinden | |
| Het vereist geen bijpassende fragmenten of complementaire basen. | Het vereist complementaire basen aan de uiteinden om basenparen te vormen. |
| Efficiëntie | |
| Het is minder efficiënt dan plakkerige eindligatie | Het is efficiënter dan ligatie van het stompe uiteinde. |
Samenvatting - Blunt versus Sticky End Ligation
Restrictie-endonucleasen zijn in staat om dsDNA te splitsen en DNA-fragmenten met verschillende uiteinden te produceren. Ze herkennen specifieke sequenties en beperken het DNA door plakkerige en stompe uiteinden te creëren. Kleverige uiteinden hebben ongepaarde bases aan het einde van de fragmenten. Stompe uiteinden worden gemaakt door een recht decolleté en ze hebben basenparen aan de uiteinden. Kleverige eindligatie vereist twee complementaire enkelstrengs DNA-stukken. Ligatie van stompe uiteinden treedt op tussen twee willekeurige fragmenten van stompe uiteinden. Dit is het verschil tussen stompe en plakkerige ligatie.
