De belangrijk verschil tussen endosymbiose en symbiose is dat endosymbiose een theorie is die beschrijft hoe mitochondriën en chloroplasten eukaryote cellen binnendringen, terwijl symbiose een langdurige interactie is tussen twee verschillende levende soorten.
Organismen in een ecosysteem communiceren op verschillende manieren met elkaar. Symbiose is een interactie die bestaat tussen twee verschillende soorten die samen leven. Sommige interacties zijn gunstig voor beide partijen, terwijl sommige interacties neutraal blijven. Sommige andere interacties zijn echter schadelijk voor de ene partij, vooral voor het gastheerorganisme, terwijl de andere partij voordelen krijgt ten koste van de gastheer. We kunnen al deze soorten interacties in een ecosysteem zien. Dit soort interacties zijn echter essentieel voor de stabiliteit van een ecosysteem. Endosymbiose, aan de andere kant, is een theorie die de oorsprong van de eukaryote cel uit een prokaryote cel verklaart.
