Het belangrijkste verschil tussen Whatman-filterpapier en normaal filterpapier is dat het Whatman-filterpapier geschikt is voor kwalitatieve analyse, terwijl het normale filterpapier geschikt is voor zowel kwalitatieve als kwantitatieve analyse.
Filtratie is een techniek waarbij verschillende componenten in een mengsel worden gescheiden. Voor deze scheiding kunnen we filterpapier gebruiken. Daarom gebruiken we het als een barrière die loodrecht staat op een vloeistofstroom of luchtstroom. Deze filtreerpapieren zijn dus nuttig voor kwalitatieve of kwantitatieve analyse. Whatman filterpapier is specifiek voor kwalitatieve analyse.