Het belangrijkste verschil tussen chaperons en chaperonines is dat de chaperones een breed scala aan functies vervullen, waaronder vouwing en afbraak van het eiwit, hulp bij de eiwitassemblage, enz., Terwijl de belangrijkste functie van chaperonines is om te helpen bij het vouwen van grote eiwitmoleculen.
Moleculaire chaperons of chaperonnes zijn eiwitmoleculen die helpen bij het vouwen van eiwitten tot complexe structuren. Daarom zijn chaperonines een soort chaperonne die heat shock-eiwitten bevat. Van alle soorten chaperonnes zijn chaperonines de meest bestudeerde eiwitten vanwege de belangrijke rol die ze spelen bij de juiste eiwitvouwing. Daarom verhindert de werking van chaperones en chaperonines de onomkeerbare aggregatie van proteïnen, waardoor hun functionaliteit mogelijk wordt. Chaperones en chaperonines verschillen minutieus op basis van de functionaliteit van de twee moleculen.