Het belangrijkste verschil tussen HPLC en GC is dat HPLC een vaste stationaire fase en een vloeibare mobiele fase gebruikt, terwijl GC een vloeibare stationaire fase en een gasvormige mobiele fase gebruikt.
HPLC en GC zijn beide methoden om verbindingen uit een mengsel te scheiden. Terwijl HPLC verwijst naar hogedrukvloeistofchromatografie, is GC gewoon gaschromatografie. HPLC is dus van toepassing op bestanddelen die vloeistoffen zijn, maar GC is nuttig wanneer de verbindingen gasvormig zijn of de verbindingen die verdampen tijdens het scheidingsproces. Beide hebben echter hetzelfde onderliggende principe: zware moleculen stromen langzamer dan lichtere.
