Het belangrijkste verschil tussen co-enzym en cofactor is dat de co-enzymen organische moleculen zijn, terwijl de cofactoren organische of anorganische moleculen kunnen zijn.
Enzymen zijn essentiële biologische macromoleculen. Het zijn de biologische katalysatoren, die de snelheid van biologische reacties onder zeer milde omstandigheden verhogen. Bovendien zijn enzymen eiwitten; dus wanneer ze worden blootgesteld aan een hoge mate van warmte, zoutconcentraties, mechanische krachten, organische oplosmiddelen en geconcentreerde zuur- of baseoplossingen, hebben ze de neiging om te denatureren. Soms hebben enzymen de ondersteuning van een ander molecuul of een ion nodig om de specifieke functie te vervullen. Co-enzymen en cofactoren zijn zulke moleculen.
