Het belangrijkste verschil tussen zuster- en niet-zusterchromatiden is dat zusterchromatiden identiek zijn en hetzelfde allel op dezelfde loci bevatten, terwijl niet-zusterchromatiden niet identiek zijn en verschillende allelen van hetzelfde gen op dezelfde loci bevatten.
De twee soorten chromatiden die in de cel worden aangetroffen en die celdeling ondergaan, zijn zusterchromatiden en niet-zusterchromatiden. Over het algemeen worden chromatiden gevormd tijdens de vroege stadia van celdeling. Aan de andere kant vormen zich niet-zuster-chromatiden tijdens metafase I van meiose. Ze zijn aanwezig in het homologe chromosomenpaar op de celevenaar, terwijl zusterchromatiden op hetzelfde chromosoom aanwezig zijn. Bovendien verbindt de centromeer van het chromosoom de twee zusterchromatiden met elkaar.
