Het belangrijkste verschil tussen homologie en gelijkenis in bio-informatica is dat homologie verwijst naar een verklaring over gemeenschappelijke evolutionaire afstamming van twee sequenties, terwijl gelijkenis verwijst naar de mate van gelijkenis tussen twee sequenties.
Bio-informatica is een wetenschapsgebied dat biologie, informatietechniek, informatica, wiskunde en statistiek combineert om biologische gegevens te analyseren en te interpreteren. Homologie en gelijkenis zijn twee termen die we gebruiken op het gebied van bio-informatica. We kunnen eenvoudig de gelijkenis berekenen als een percentage van vergelijkbare residuen over een gegeven lengte van de uitlijning. We kunnen de homologie echter niet berekenen, omdat deze waar of onwaar kan zijn en meestal afhankelijk is van de gebruikte hypothese.
