Het belangrijkste verschil tussen biokoolstof en fossiele koolstof is dat biokoolstof een vorm is van hernieuwbare koolstof die wordt aangetroffen in biologische systemen zoals planten, dieren, micro-organismen, bodem en oceanen, terwijl fossiele koolstof een vorm is van niet-hernieuwbare koolstof die wordt aangetroffen in fossiele brandstoffen.
Koolstof is een macro-element dat aanwezig is in alle levende organismen en niet-levende componenten. Koolstof circuleert door de lithosfeer, atmosfeer en hydrosfeer om het evenwicht te behouden. Daarom bestaat koolstof in verschillende vormen, zoals gas, vast en vloeibaar. Het belangrijkste koolstofreservoir is de atmosferische koolstof in de vorm van kooldioxidegas. Uitwisseling van koolstof zorgt voor een natuurlijk evenwicht. Maar dit evenwicht is grotendeels verstoord door menselijke activiteiten. Biokoolstof en fossiele koolstof zijn de twee belangrijkste vormen van koolstof.
