Het belangrijkste verschil tussen pteridofyten en phanerogamen is dat pteridofyten pitloze en bloemloze vaatplanten zijn, terwijl phanerogamen zaad- en bloemdragende vaatplanten zijn.
Kingdom Plantae heeft twee sub-koninkrijken als cryptogamae en Phanerogamae. Cryptogamae omvat planten die zich voortplanten via sporen. Die planten zijn dus pitloze en bloemloze planten. Bovendien heeft het subkoninkrijk drie hoofdgroepen, zoals Thallophyta, Bryophyta en Pteridophyta, waaronder mossen, algen, korstmossen en varens. Aan de andere kant omvat het subrijk Phanerogamae zaadplanten, gymnospermen en angiospermen. Ze produceren zichtbare voortplantingsstructuren die bloemen worden genoemd. Zowel pteridofyten als phanerogamen zijn vaatplanten. Het belangrijkste doel van dit artikel is om het verschil tussen pteridofyten en phanerogamen te bespreken.