Het belangrijkste verschil tussen maternale en vaderlijke DNA-testen is afhankelijk van het type DNA-bron dat in de testprocedure wordt gebruikt. Bij het testen van moederlijk DNA wordt mitochondriaal DNA gebruikt om de afstamming van de moeder te verkrijgen, terwijl bij het testen van vaderlijke DNA Y-DNA wordt gebruikt om de afstamming van de vader te verkrijgen.
Bepaling van de afkomst bij zowel mannen als vrouwen is belangrijk om familierelaties te bepalen. Bovendien bepalen maternale en vaderlijke DNA-tests ook de identiteit van individuen. Enkele van de moleculaire technieken die in deze analyse worden gebruikt, zijn DNA-vingerafdrukken, Short Tandem Repeats-analyse en Restriction Fragment length polymorphism (RFLP).
