Het belangrijkste verschil tussen cotransport en contra-transport is dat cotransport een vorm van secundair actief transport is dat twee soorten moleculen tegelijkertijd over het plasmamembraan in dezelfde richting of tegengestelde richting transporteert. Aan de andere kant is contra-transport een van de twee vormen van co-transport die twee soorten moleculen tegelijkertijd in tegengestelde richting over het celmembraan transporteert.
Moleculen gaan via het selectieve plasmamembraan van de cel in en uit. Er zijn verschillende soorten membraantransporterende eiwitten. Gezamenlijk transport en contra-transport zijn twee soorten secundair actief transport. Cotransport transporteert twee verschillende soorten moleculen tegelijkertijd in een gekoppelde beweging, terwijl contra-transport of uitwisseling een type co-transport is dat twee soorten moleculen in de tegenovergestelde richting over het membraan transporteert.
