Het belangrijkste verschil tussen parasiet en bacteriën is dat de bacteriën eencellige microscopische prokaryoten zijn die overal leven, terwijl parasieten de organismen zijn die op of in hun gastheren leven terwijl ze infecties veroorzaken bij gastheren.
Parasieten en bacteriën zijn organismen die op zeer primitieve organismen lijken, maar grote aanpassingen hebben om te overleven in verschillende omgevingsomstandigheden. Voor mensen zijn deze organismen van het grootste belang omdat de meeste menselijke infecties erdoor worden veroorzaakt. Soms worden bepaalde bacteriën als parasieten beschouwd.