Het belangrijkste verschil tussen genetische kaart en koppelingskaart is het type genen dat wordt gebruikt voor het in kaart brengen. Genetische kaart bestaat uit alle genen die aanwezig zijn op een bepaald chromosoom, terwijl koppelingskaart bestaat uit gekoppelde genen die aanwezig zijn op een bepaald chromosoom.
Genetische kaart en koppelingskaart zijn twee soorten chromosomale kaarten die genen illustreren die op de chromosomen worden aangetroffen. Een genetische kaart toont alle genen, terwijl een koppelingskaart alleen de gekoppelde genen toont. Beide zijn erg handig bij het diagnosticeren van genetische ziekten en aandoeningen. Daarnaast kunnen chromosoomafwijkingen ook worden gedetecteerd met behulp van genetische en koppelingskaarten. Koppelingskaarten geven verder een idee van de evolutie van bepaalde genen.
