Het belangrijkste verschil tussen ammoniak en ammonium is dat ammoniak een ongeladen polair molecuul is dat als gas bij kamertemperatuur bestaat, terwijl ammoniumionen worden geladen en bestaan als vrije ionen in oplossing of als gekristalliseerde zoutverbindingen.
Er zijn weinig beelden en zelfs bepaalde geuren die onze geest onmiddellijk associeert met ammoniak of ammonium; deze omvatten die van meststoffen, stikstofhoudend afval, zeep en zelfs explosieven. Bovendien gaan de meeste mensen ervan uit dat er geen verschil is tussen ammoniak en ammonium. De grote overeenkomst tussen deze twee en het vaker gebruiken van het woord ammoniak als algemene term voor zowel zuivere ammoniak als ammoniumverbindingen is wat deze verwarring veroorzaakt.