Het belangrijkste verschil tussen ubiquinonen en cytochromen is dat de ubiquinonen (CoQ) geen eiwitten zijn, terwijl de cytochromen eiwitten zijn.
De elektronentransportketen is de laatste fase van aërobe ademhaling. Daarom komt het voor in het binnenmembraan van mitochondriën. Bovendien bestaat het uit elektronendragers die de productie van een protongradiënt over het membraan vergemakkelijken. Behalve NAD en flavoproteïnen zijn Ubiquinonen en Cytochromen twee soorten elektronendragers die betrokken zijn bij de elektronentransportketen. Ubiquinonen zijn niet-eiwit, lipide-oplosbare, hydrofobe organische moleculen, terwijl cytochromen ijzerbevattende eiwitten zijn.
