Het belangrijkste verschil tussen allozymen en isozymen is dat allozymen worden gecodeerd door verschillende allelen op dezelfde locus. Maar daarentegen worden isozymen gecodeerd door genen op verschillende loci.
Enzymen zijn biokatalysatoren die biochemische reacties versnellen. In feite zijn het eiwitmoleculen die worden gecodeerd door genen. Er zijn verschillende soorten enzymen. Sommige enzymen worden gecodeerd door verschillende allelen van hetzelfde gen die op dezelfde locus aanwezig zijn. Ze staan bekend als allozymen. Daarentegen worden sommige enzymen gecodeerd door verschillende genen die zich op verschillende loci bevinden. Deze enzymen staan bekend als isozymen. Isozymen en allozymen kunnen worden gebruikt om de relatie tussen twee organismen te bepalen.
