Het belangrijkste verschil tussen thiocyanaat en isothiocyanaat is dat thiocyanaat een functionele groep is waarin de alkyl- of arylgroep is bevestigd door het zwavelatoom, terwijl isothiocyanaat het koppelingsisomeer is van thiocyanaat waarin de alkyl- of arylgroep is bevestigd via het stikstofatoom.
Thiocyanaat en isothiocyanaat zijn functionele groepen die koolstof-, stikstof- en zwavelatomen bevatten. Deze functionele groepen hebben dezelfde connectiviteit van atomen. Dat wil zeggen, het koolstofatoom bevindt zich in het midden, terwijl stikstof- en zwavelatomen aan de zijkanten zijn bevestigd. De chemische binding tussen deze atomen is echter verschillend van elkaar.