Het belangrijkste verschil tussen transgene en knock-outmuizen is dat transgene muizen vreemde genen in het genoom hebben ingebracht, terwijl knock-outmuizen een functioneel geïnactiveerd gen van belang hebben.
Genetische manipulatie is het gebied van de genetica waarin de genetische samenstelling van een organisme wordt gewijzigd of gemanipuleerd door recombinant-DNA-technologie. Transgene organismen worden gemaakt door vreemde genen (transgenen) in organismen te introduceren met behulp van biotechnologie. Ze worden ook wel genetisch gemodificeerde organismen genoemd. Transgene organismen zijn waardevolle onderzoeksinstrumenten. Ze zijn belangrijk bij het onderzoeken van de functie van een gen en bij gentherapie en landbouw. Muizen worden gebruikt als proefdiermodellen omdat ze nauwer verwant zijn aan mensen. Transgene muizen en knock-outmuizen zijn twee soorten genetisch gemodificeerde dieren. Bij transgene muizen wordt het DNA van de gastheer op een locus vervangen door een andere versie van hetzelfde gen of een heel ander gen. Bij knock-outmuizen wordt het gastheergen eenvoudig verwijderd of functioneel geïnactiveerd.
