Het belangrijkste verschil tussen knock-in en knock-out is afhankelijk van de methode die wordt gebruikt om een transgeen organisme te creëren. Bij gene knock-in vindt insertie van een nieuw gen plaats, terwijl bij gen knock-out het verwijderen van een bestaand gen plaatsvindt om een transgeen organisme te creëren.
Transgene organismen zijn organismen met een veranderde genetische constitutie. 'Recombinante organismen' is een synoniem voor hen. In de meeste gevallen hebben transgene organismen gunstige eigenschappen. Bij het creëren van transgene organismen worden genen het doelwit. Afhankelijk van de behoefte kan een gen worden geïntroduceerd of verwijderd. Gene knock-in verwijst naar de introductie van een nieuw gen, terwijl gen knock-out verwijst naar de verwijdering van een gen.
