Het belangrijkste verschil tussen aërobe en anaërobe micro-organismen is de behoefte aan zuurstof voor de overleving van aërobe micro-organismen, terwijl dit niet het geval is voor de anaërobe micro-organismen. Dat wil zeggen dat de aërobe micro-organismen zuurstof nodig hebben als hun uiteindelijke elektronenacceptor tijdens de aërobe ademhaling, terwijl anaërobe micro-organismen geen zuurstof nodig hebben voor hun cellulaire ademhaling.
De reactie op zuurstof vormt de basis voor de classificatie van de micro-organismen als aëroob en anaëroob. Hierdoor hebben deze micro-organismen verschillende kenmerken om hun functies uit te oefenen tijdens cellulaire ademhaling. Daarom ondergaan aërobe microben aërobe ademhaling, terwijl anaërobe microben anaërobe ademhaling ondergaan.
