Het belangrijkste verschil tussen bestandssysteem en database is dat het bestandssysteem alleen de fysieke toegang beheert, terwijl de database zowel de fysieke als de logische toegang tot de gegevens beheert.
Database en bestandssysteem zijn twee methoden die helpen bij het opslaan, ophalen, beheren en manipuleren van gegevens. Met beide systemen kan de gebruiker op dezelfde manier met gegevens werken. Een bestandssysteem is een verzameling onbewerkte gegevensbestanden die zijn opgeslagen op de harde schijf, terwijl een database bedoeld is om eenvoudig grote hoeveelheden gegevens te organiseren, op te slaan en op te halen. Met andere woorden, een database bevat een bundel georganiseerde gegevens, doorgaans in digitale vorm voor een of meer gebruikers. De afkorting van de database is DB. Het is mogelijk om DB te classificeren op basis van hun inhoud, zoals documenttekst, bibliografisch en statistisch. Het is belangrijk op te merken dat, zelfs in een database, gegevens uiteindelijk of fysiek in sommige bestanden worden opgeslagen.
