Het belangrijkste verschil tussen Endo en Exo Diels Alder-verbindingen is dat het Endo Diels Alder-product zijn substituenten heeft op dezelfde zijde van het overbrugde ringsysteem, terwijl het Exo Diels Alder-product zijn substituenten heeft aan de tegenoverliggende zijden van het overbrugde ringsysteem.
Endo-Exo-isomerie is een speciaal type isomerie dat in de categorie stereo-isomeren valt. We kunnen deze isomerie vinden in organische verbindingen met een substituent op het overbrugde ringsysteem. Endo en Exo zijn voorvoegsels die we gebruiken om een organische verbinding te benoemen volgens de locaties van deze substituent. We gebruiken deze voorvoegsels voornamelijk bij de producten van de Diels Alder-reactie. Het product van dit type reactie is gewoonlijk een gesubstitueerd cyclohexeenderivaat.